В 1808 году в старейшем поселении Красный Яр (теперь село Ильинское Новокузнецкого района) была построена церковь предположительно в середине XVII века. Строилась церковь 15 лет, освящалась по мере возведения. Старожилы села вспоминали, что при строительстве Ильинского храма в раствор добавляли яйца и молоко для придания особой прочности здания.
Храм был разграблен в 1932 году, с куполов сбросили православные кресты. В течение 20 лет бесхозное здание церкви разрушалось.
После пожара в 1950 году здание храма отремонтировали, а в 1951 году приспособили под зерносклад. В результате пожара и хозяйственного использования здания в нем полностью выгорела кровля над трапезной, храмовый купол с главками, был утрачен пол. Чудом уцелела лишь храмовая икона пророка Божия Илии, которая хранится в настоящее время в Никольской церкви города Новокузнецка.
Храм Святого пророка Божия Илии почти полностью был разрушен временем и людьми. В алтаре в 1980-е годы был устроен загон для овец.
16 декабря 1989 года благочинный протоиерей Алексий Курлюта провел сельский сход по организации приходской общины, а 22 января 1990 года приход уже был зарегистрирован. Службы стали проводиться в приспособленном молитвенном доме вблизи церкви.
В 90-х годах священник новокузнецкого Храма Святого Архангела Михаила иерей Михаил Римар искренне поскорбел на развалинах Ильинского храма, что обезобразили такую красоту. Вскоре после этого в 1990 году он был назначен настоятелем церкви Святого пророка Илии, о судьбе которого так сокрушался.
С 1991 года на памятнике архитектуры начались реставрационные работы по проекту архитекторов В.Н. Усольцева и П.Г. Тиманова. Основную финансовую помощь оказали руководители совхоза «Чистогорский», Плотниковской и Кузбасской птицефабрик, Антоновской автобазы, Запсиба и Новокузнецкого райисполкома. Уже на следующий год основные работы были завершены, а на Пасху зазвонили колокола и совершена первая Литургия.
Известна легенда о том, как однажды во время противостояния кочевникам кузнецкого войска на белом коне явился святой Илия пророк в виде старца с седой бородой и стремительно по воздуху двинулся на кочевников. От святого Илии поднялся огненный столб до самого неба.
